Iako je muzej osnovan 1954. godine, 29. svibnja 1955. otvoreni su muzejski postavi za javnost. U fortifikaciji Staroga grada otvoren je tada Gradski muzej Čakovec, danas Muzej Međimurja Čakovec. Prvi direktor Muzeja bio je Aleksandar Schulteis, a uz njega jedini drugi zaposlenik Stjepan Leiner. Stalni muzejski postav nakon iseljenja Gimnazije 1967. godine iz palače postepeno i planski seli na prvi i drugi kat centralnog zdanja gdje je smješten i danas.
